У вересні 1857 р. цей проект був
схвалений конференцією КДА і представлений Київському митрополиту
Філарету (Амфітеатрову). 21 жовтня 1857 р. митрополит також схвалив
проект і надіслав його до Синоду. Передбачалося, що видання почне
виходити вже у 1858 р. Однак у Петербурзі запропонований киянами
проект несподівано було відхилено. Позицію Синоду було викладено в
листі обер-прокурора графа О. П. Толстого від 28 листопада 1858 р.
Обер-прокурор повідомляв, що Петербурзький митрополит Григорій
(Постніков) запропонував реалізувати в Києві зовсім іншу концепцію
часопису. Митрополит Григорій як на приклад для киянам вказував на
часопис, що видавався з 1843 р. при Московській духовній академії
(«Творения святых отцов в русском переводе» та «Прибавления»). В
цьому часописі друкувалися, перш за все, переклади отців Церкви, а
«Прибавления» містили оригінальні статті професорів МДА. Киянам
пропонувалося зробити щось подібне. Традиційно протягом року
друкувалося три томи «Трудів». Кожен том містив в собі книги за
чотири календарних місяці (перший том — з січня по квітень, другий
— з травня по серпень, третій — з вересня по грудень), хоча інколи
могли траплятися незначні відхилення від цього правила. Нумерація
сторінок у межах одного тому була наскрізною. Крім основного змісту
часопису в ньому подавалися матеріали з окремою пагінацією. На
початку місячних книг, як правило, давалися російські переклади
книг Святого Письма або творів отців Західної Церкви. В кінці
кожної книги «Трудів» містилися додатки, що включали офіційні
документи Академії. Нумерація сторінок у виданнях перекладів і у
додатках продовжувалася від книги до книги безвідносно до номерів
томів. Крім того, часом на початку книги могли публікуватися
матеріали, які або мали окрему латинську пагінацію, або взагалі не
мали пагінації. Зазвичай саме так друкувалися імператорські укази,
які торкалися Академії; повідомлення про перебування в Києві членів
імператорської родини; промови, виголошені з особливо урочистих
приводів тощо. Таким чином, в межах однієї книги «Трудів» можна
зустріти три, а інколи навіть і чотири окремі пагінації.