Согласно историческим документам,
в 18 и первой половине 19 века Клиппертон был покрыт
травянистой и отчасти древесной растительностью. К концу 19 века
местная флора полностью исчезла. Эта экологическая
катастрофа могла случиться или из-за цунами, возникшего
вследствие землетрясения, или по вине человека. Свиньи, завезённые
добытчиками гуано, стали поедать крабов Johngarthia
planatus, уничтожавших появляющуюся растительность.
Люди интродуцировали на остров многие новые виды растений.
Кокосовая пальма появилась ещё в 1890-х годах.
После истребления всех свиней в
середине 20 века на острове стали свободно размножаться птицы
и крабы. Миллионы крабов снова стали последовательно
уничтожать всю растительность острова. В 1958
году растительность на острове была представлена в основном
редкими колючими растениями, а также пальмами. К 2001
году на острове осталось лишь 674 кокосовые пальмы.
Растительностью было покрыто лишь 5 небольших островков в лагуне,
которые оказались недоступны для наземных крабов.